حضرت آیت الله خامنه ای در نماز جمعه تاریخی و وحدت بخش امروز تهران در سخنان بسیار مهمی، با اشاره به مقصر بودن دو طرف مناظره ها گفتند: یک طرف به رئیس جمهور قانونی کشور، صریحترین و خجالت آورترین اهانتها و تهمتها را بیان می کرد و با پخش کارنامه های جعلی برای دولت، رئیس جمهور متکی به آرای مردم را دروغگو، خرافاتی و رمال می نامید و اخلاق و قانون و انصاف را زیر پا می گذاشت و طرف دیگر هم، با اقداماتی مشابه، کارنامه درخشان 30 ساله انقلاب را کمرنگ جلوه می داد و شخصیتهایی که عمرشان را در راه نظام صرف کرده اند زیر سؤال می برد و اتهاماتی را که در مراجع قانونی اثبات نشده است بیان می کرد.
حضرت آیت الله خامنه ای در عین حال به اختلاف نظر طبیعی خود با آقای هاشمی رفسنجانی در موارد متعدد اشاره کردند و افزودند: این اختلاف نظر طبیعی است و مردم نباید دچار توهم شوند و به گونه ای دیگر فکر کنند.
ایشان افزودند: میان آقای هاشمی و رئیس جمهور نیز از سال 84 اختلاف نظرهای متعددی درباره مسائل خارجی، نحوه اجرای عدالت اجتماعی و برخی مسائل فرهنگی وجود دارد که البته نظر رئیس جمهور به نظر بنده نزدیکتر است.
حضرت آیت الله خامنه ای با تأکید مجدد بر لزوم بر طرف شدن آسیبهای مناظره اعلام کردند در همان ایام بعد از مناظره به رئیس جمهور تذکر دادم چون می دانستم ترتیب اثر می دهد.
ایشان مجاری قانونی را تنها مسیر رسیدگی به شبهات مطرح شده خواندند و تأکید کردند: بنده زیر بارِ بدعتهای غیرقانونی نمی روم چرا که در هر انتخاباتی طبعا برخی برنده نیستند و اگر امروز چارچوبهای قانونی شکسته شود در آینده نیز هیچ انتخاباتی مورد اعتماد نخواهد بود و مصونیت نخواهد داشت.
ایشان با تأکید بر اینکه مردم در قضیه انتخابات حقا و انصافا به بهترین وجه به وظیفه خود عمل کردند افزوند: سیاسیون و کسانی که به نحوی مرجعیتی برای بخشی از افکار عمومی دارند باید خیلی مراقب رفتار و گفتار خود باشند زیرا با اندکی افراط گری آنها، دامنه افراط گری در بدنه مردم به مراحل حساس و خطرناکی خواهد رسید که خود آنها نیز نخواهند توانست ابعاد آنرا جمع کنند. رهبر انقلاب اسلامی با اشاره به اینکه هر حرکت افراطی، به افراطی گری دیگران دامن خواهد زد تأکید کردند: اگر نخبگان سیاسی بخواهند قانون را زیر پا بگذارند، خواسته یا ناخواسته، مسئول خونها، خشونتها و هرج و مرج ها خواهند بود.
حضرت آیت الله خامنه ای با اشاره به اینکه زورآزمایی خیابانی بعد از انتخابات در واقع به چالش کشیده شدن اصل انتخابات و مردم سالاری است، تأکید کردند: از همه می‌خواهم به این روش غلط خاتمه دهند که اگر خاتمه ندهند مسئولیت تبعات و هرج و مرج آن، بعهده آنها خواهد بود.
ایشان افزودند: برخی ها بدانند که با حرکات خیابانی نمی توان اهرم فشار بر ضد نظام بوجود آورد و مسئولان را وادار کرد تحت عنوان مصلحت زیر بار خواسته های آنها بروند چرا که تن دادن به مطالبات غیر قانونی زیر فشار، شروع نوعی دیکتاتوری است. رهبر انقلاب اسلامی خاطرنشان کردند: اینگونه تصورات و محاسبه ها، اشتباه است و اگر این تصورات غلط، عواقبی هم پیدا کند مستقیما متوجه فرماندهان پشت صحنه خواهد بود که اگر ضروری شد مردم آنها را در وقت لازم خواهند شناخت.
ایشان با دعوت از همه دوستان و برادران برای برادری و تفاهم و رعایت قانون افزودند: راه قانون و راه محبت و صفا باز است و امیدوارم همه در این راه حرکت کنند و جشن پیروزی 40 میلیونی مردم را گرامی بدارند و اجازه ندهند دشمن این جشن بزرگ را خراب کند. رهبر انقلاب اسلامی در عین حال هشدار داد اگر کسانی بخواهند راه دیگری بروند آنوقت من خواهم آمد و با مردم صریح تر صحبت خواهم کرد.
رهبر انقلاب اسلامی در بخش پایان خطبه دوم نماز جمعه خطاب به حضرت ولیعصر (عج) فرمودند: ای سید و مولای ما، ما آنچه را لازم بود انجام دادیم و آنچه را باید گفت، گفتیم و خواهیم گفت. ما جان ناقابل و اندک آبروی خود را در کف دست گرفته ایم و آن را در راه انقلاب و اسلام فدا خواهیم کرد، ما این راه را با قدرت ادامه خواهیم داد و شما که صاحب حقیقی این انقلاب و کشور هستید برای ما دعا کنید.